以来,妻子李氏和儿子纪显也被逮捕入狱。儿子纪显问纪纲说道:“父亲,我们犯了什么罪,朝廷将我们如何处置啊！”纪纲悲伤的回答道:“是我错了,连累了你们。”
在几天之后,纪纲被皇帝下旨处决后,他的家属不论老幼都被流放戍边,其爪牙庄敬和庞英等人大多也被处死。又过了很长一段时间,都察院才整理出纪纲的罪状公布出来。其中除假传圣旨、滥杀无辜和贪污索贿等之外,还特别强调了其家蓄养亡命之徒,私造铁甲弓弩数以万计,以暗示纪纲有起兵造反的阴谋,这目地无非是要向百姓证明铲除纪纲的合理性。
纪纲被除后,明成祖把锦衣卫的权利减少了,任命蒙古人赛哈智为锦衣卫卫指挥使。明朝的特务机构锦衣卫除外,北京外在各地都驻有分支机构,譬如今天津市河北区的锦衣卫桥大街和以前的锦衣卫桥,就是当初这些
特务机构的所在地。明代的特务机关可以分为三大部分:一是分驻各地的,一是驻在京师的,还有就是临时向外派遣的,专门收集边关情报和战报。